No quedó ahí la progresión del equipo, que comenzaba a poner en marcha la estrategia de firmar barato y revalorizar jugadores que tan rápido le permitió dar el salto hacia el viejo continente. Tras acabar décimo en la 2002/2003, la ansiada clasificación para la UEFA llegó un año más tarde con el recordado gol de Baptista en la última jornada ante Osasuna. De esta forma, el utrerano afrontó la que fue su última temporada en sevillista llegando a octavos en el torneo continental y volviendo a meterse en Europa gracias al sexto puesto. Llegaba la temporada del Centenario, pero Caparrós anunció que abandonaba la entidad al final de la temporada tras quedarse a sólo un punto de una histórica clasificación para la Liga de Campeones.
Eso sí, no tardó en volver a entrenar y tomó las riendas del Deportivo de La Coruña en la 05/06, consiguiendo la octava plaza en un club que comenzaba a dejar atrás la época gloriosa de comienzos de siglo. Aunque la llegada de Caparrós permitió al club reinventarse y dar más protagonismo a su cantera, la siguiente campaña fue algo más comprometida y obligó al equipo gallego a centrarse en la permanencia, algo que acabó logrando de forma holgada. Pese a ello decidió acabar ahí su etapa en Riazor y un año más tarde llegó a Bilbao. Con la vitola de entrenador canterano, en el Athletic Club tenía el caldo de cultivo perfecto para poder sacar el máximo partido a los escalafones inferiores. En una plantilla en la que impulsó a jugadores como Llorente, Javi Martínez o Iker Muniain, tras una primera temporada en la que estabilizó la situación deportiva, en la segunda llegó su primer logro en rojiblanco.
También hizo historia en el Athletic Club
Y es que el Athletic logró alcanzar la final de la Copa de 2009, eliminando precisamente al Sevilla FC en semifinales. Se trataba de la primera final en 24 años aunque no se pudo sacar la característica gabarra por la derrota en Mestalla ante el FC Barcelona por 4-1. Aunque en Liga logró la 13ª plaza, el éxito copero le llevó a conseguir su tercera clasificación europea como técnico. Esto le permitió renovar su contrato y acabar octavo y sexto -otra vez a Europa- en sus dos siguientes campañas. Sin embargo, un cambio en la presidencia del Athletic impidió cumplir el preacuerdo que tenía Caparrós para seguir dirigiendo al equipo vasco.
Su última experiencia en los banquillos fue en el Al Ahli de Catar, la cual tuvo que abandonar por motivos personales a finales del pasado año
Tras una mala experiencia en el Neuchatel Xamax suizo al inicio de la siguiente campaña, en octubre de 2011 llega al RCD Mallorca, tras la marcha de Michael Laudrup. Con un promedio de puntuación de Liga de Campeones, el equipo balear logró la permanencia con cuatro jornadas de adelanto en la 11/12. Esto le permitió renovar, pero una mala racha de resultados motivó su destitución en febrero de 2013. Eso sí, su ausencia en los banquillos duró poco al firmar por el Levante UD al inicio de la campaña 13/14, al que dejó en una más que meritoria décima plaza pese a lo cual no llega a un acuerdo de renovación.
De ahí al Granada CF, en el que pese a sus buenos números iniciales, se ve obligado a salir en enero de 2015. Y tras casi dos décadas ininterrumpidas en el banquillo, el técnico para casi dos años hasta su llegada al CA Osasuna, que buscaba una reacción tras dos meses de mal arranque liguero. Eso sí, no consiguió levantar la difícil situación y fue destituido tres meses más tarde. Su última experiencia en los banquillos fue en el Al Ahli de Catar, al que dejó sexto la pasada campaña antes de abandonar el club por motivos personales.
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